Sélection positive
Les cellules d'intérêt sont marquées en utilisant les propriétés de liaison des anticorps. Des anticorps liés à des billes magnétiques sont placés dans l'échantillon, ce qui leur permet de se lier aux protéines de surface des cellules d'intérêt. Un champ magnétique est ensuite appliqué pour isoler les cellules d'intérêt liées. On obtient ainsi un sous-ensemble de cellules hautement purifié.
Sélection négative
Contrairement à la sélection positive, les cellules d'intérêt ne sont pas liées dans cette technique, c'est-à-dire qu'elles ne sont pas "touchées". Divers anticorps liés à des billes magnétiques sont placés dans l'échantillon, ce qui leur permet de se lier aux protéines de surface de toutes les populations cellulaires présentes, à l'exception des cellules d'intérêt. Un champ magnétique est ensuite appliqué, éliminant les cellules marquées et non désirées, ce qui permet d'obtenir un sous-ensemble de cellules hautement purifiées "intactes".